Η εκτέλεση του κακόβουλου λογισμικού μπορεί να έχει κοινωνικές, οικονομικές και πολιτικές συνέπειες καθώς υπάρχει περίπτωση να υποκλαπούν ακόμα και στρατιωτικά μυστικά. Όσον αφορά τους κοινούς χρήστες, εκτός από τις ζημιές που μπορούν να γίνουν στους Η/Υ τους (π.χ. μείωση ταχύτητας ή καταστροφή αρχείων), μπορεί εν αγνοία τους να γίνουν ενδιάμεσοι κόμβοι παροχής παράνομου λογισμικού ή αποστολείς απειλητικών μηνυμάτων. Επίσης μπορεί να πέσουν θύματα κλοπής των χρημάτων τους ή να γίνουν δέκτες εκβιασμών. Σε οργανισμούς δημιουργείται οικονομικό αντίκτυπο καθώς μπορεί να σπιλωθεί η φήμη μιας επιχείρησης με αποτέλεσμα να χάσει τους πελάτες της, ειδικότερα οταν πρόκειται για την προστασία των προσωπικών δεδομένων των πελατών. Επίσης μπορεί να πληγούν από τη βιομηχανική κατασκοπία.
Για παράδειγμα παλαιότερα είχαν κάνει την εμφάνισή τους προγράμματα που άλλαζαν την αρχική σελίδα (Home Page) του φυλλομετρητή Internet Explorer ενός υπολογιστή, χωρίς φυσικά την συγκατάθεση του χρήστη. Τα προγράμματα αυτά έμειναν γνωστά με τον όρο Hijack και ο απώτερος στόχος τους ήταν να κάνουν γνωστές συγκεκριμένες ιστοσελίδες ή να διαφημίσουν προϊόντα και υπηρεσίες.
